Tótfalusi Kis Miklós helyesírási és grammatikai elveit Apologia Bibliorum (Kolozsvár, 1697) című latin nyelvű munkájának harmadik részében (Ratiocinatio de ortographia) fejtette ki. Ebben a műben vált igazán egyenrangúvá a magyar nyelv és nyelvtan a latinnal.

Mint elődeinek művei, az övé is gyakorlati jellegű, elsősorban a helyes írás és helyes beszéd áll középpontban. A korábbiaknál magasabb szintű, ezáltal nagyban hozzájárult a hangtani és alaktani egységesülés útjának egyengetéséhez, és így mai helyesírásunk alapjainak lerakásához. Munkájában már érezhető a racionalizmus tudományos szelleme, mivel tudományos módszerekkel elvi s gyakorlati síkon igyekezett behatolni a nyelvi kérdések legapróbb részleteibe, és törekedett rendszerezni azokat. Vezérelvévé a nyelvbeli gondosságot és tisztaságot tette. Ehhez a közvetlen mintát és forrást elődeitől: Pázmány Pétertől, Szenczi Molnár Alberttől, Geleji Katona Istvántól, Medgyesi Páltól, Apáczai Csere Jánostól merítette. Műveikből viszont csak azt vette át, ami az ő ortográfiai koncepciójába beleillett. Követte például Geleji szóelemző írásmódját, de az előd túlzásait levetkőzve. Ezt az írásmódot követi például a j-vel kezdődő igei személyragok és birtokos személyjelek írásában: mondja, látjuk, kardja. A szóelemző elvet alkalmazta az olyan szóalakok írásával kapcsolatban is, melyekben az abszolút szóvégen vagy magánhangzóval kezdődő, illetőleg ezzel kapcsolódó toldalékok előtt a szóvégi mássalhangzó a kiejtésben megnyúlik: egészszen helyett egészen, erössebb helyett erősebb. Gelejivel szemben a fonetikus elvet érvényesítette viszont a -val/-vel rag írásában: babbal és nem babval. Tótfalusi nagy gondot fordított az idegen tulajdonnevek, szavak megfelelő írására. Példamutatóan érvelt az egyes idegen betűknek a magyar nyelv törvénye szerint való helyettesítése mellett. Az y-t i-vel írta át, mivel ennek más a szerepe a mi írásrendszerünkben: Babylon helyesen Babilon. A latinul nem tudók számára f-fel jelölte a ph-t: proféta. Tóthfalusi érdemeit az is növeli, hogy elméletileg kifejtett érveit a gyakorlatban is szigorú következetességgel alkalmazta, és az általa kikövetkeztetett normából nem engedett.